اداره مرکزی متشکل از یک رئیس کل، معاون گمرک ایران، معاون اداری و مالی، کمیسیون دسیدگی گمرکی، دفاتر امور صادارت و واردات، دفتر تعیین ارزش و تعرفه، دفتر امار و امور بین الملل، دفتر حقوق و قضائی، اداره کل نظارت و چند واحد دیگر، می باشد.گمرک جمهوري اسـلامي ايران شامل ستاد مركزي گمرک ايران و گمرک هاي اجرائي است. وظایف هر یک از واحدهای مستقل مرکزی که مجموعاً زیر نظر معاون فنی و رئیس کل گمرک ایران عمل می کنند، با عنوان هر یک از آن ها در امر انطباق مراتب ترخیص کالا با مقررات عمومی صادرات و واردات، ابلاغ …